CAPI2006 - Calcolo ad Alte Prestazioni nelle scienze della vita (Biocomputing)
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Ivan Rossi

Metodi di apprendimento automatico per l'annotazione strutturale e funzionale di genomi

Ivan Rossi
Università degli Studi di Bologna

     Full text: PDF
     Last modified: November 30, 2007

Abstract
Il gruppo di Biocomputing si occupa di fornire soluzioni a problemi specifici di Bioinformatica rilevanti nell'analisi di sequenze proteiche. L'analisi del genoma su larga scala consente infatti una annotazione strutturale e funzionale delle sequenze geniche ottenute da varie specie di procarioti ed eucarioti. In particolare i nostri metodi sono basati sulla estrazione di informazione da banche dati di sequenze e strutture note per una generalizzazione che consente l'implementazione di predittori, ossia tools in grado di rispondere a richieste specifiche in relazione al problema posto. L'integrazione di vari predittori in una suite di programmi consente l'analisi di un genoma procariotico di dimensioni medie in una settimana con due CPU. Al termine viene fornita una annotazione su basi strutturali di ogni gene del genoma in questione. Dato che la procedura può essere parallelizzata i tempi di calcolo potrebbero essere ridotti notevolmente utilizzando risorse opportune. Si ricorda che attualmente i genomi di procarioti e di eucarioti che possono essere oggetto di indagine ammontano a oltre 400.

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